Zebranie organizacyjne Krakowskiego Oddziału Stowarzyszenia „Wspólnota Polska” odbyło się 27 czerwca 1990 roku. Wytyczono na nim główne kierunki pracy oraz wybrano pierwszego prezesa. Został nim prof. Aleksander Koj – ówczesny rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1996 roku po rezygnacji prof. A. Koja z kandydowania na kolejną kadencję, funkcję prezesa pełnił do 2017 prof. Zygmunt Kolenda, po czym funkcję prezesa objął, i pełni ją drugą kadencję, dr hab. Józef Wróbel.

Początkowo w działalności Krakowskiego Oddziału SWP przeważała pomoc typu humanitarnego, organizowana z myślą o Polakach mieszkających za wschodnią granicą (Ukraina, Białoruś, Litwa). Dużą rolę odgrywały również zagadnienia związane z repatriacją Polaków z Kazachstanu. Oddział Krakowski organizował dla rodaków z Kazachstanu kursy językowe i adaptacyjne, staże zawodowe oraz spotkania z przedstawicielami gmin małopolskich.

Dużymi i udanymi przedsięwzięciami Oddziału były IV i V Forum Oświaty Polonijnej (2002 i 2006 r.) oraz kolejne Kongresy Polskich Towarzystw Naukowych na Obczyźnie (2005, 2008, 2011 i 2014 r.) organizowane wspólnie z Polską Akademią Umiejętności, w której gmachu obecnie mieści się nasze biuro.

Ważnym kierunkiem działalności Krakowskiego Oddziału jest promocja artystów polskiego pochodzenia wśród mieszkańców i turystów Krakowa. Polonijne zespoły folklorystyczne prezentują się w ramach różnych festiwali i przeglądów artystycznych organizowanych na Rynku Głównym w Krakowie.

Oddział Krakowski od początku swej działalności stara się o pozyskiwanie środków finansowych i rzeczowych na pomoc charytatywną dla polskich środowisk na Wschodzie. Polega ona na przyznawaniu zapomóg finansowych osobom znajdującym się w trudnej sytuacji życiowej oraz udzielaniu pomocy w zakresie leczenia i zakupu lekarstw. W 1999 roku utworzono specjalny fundusz charytatywny dla opuszczonych Polaków mieszkających we Lwowie i na Kresach Południowo-Wschodnich, z pomocy którego korzystało co roku około 600 osób.

Od początku swojej działalności Oddział Krakowski organizował lub był współorganizatorem dużych zjazdów, konferencji i spotkań polonijnych. Ich celem była wymianie doświadczeń oraz ustalenia dotyczące potrzeb Polonii i Polaków mieszkających za granicą. Efektem spotkań były wspólne inicjatywy naukowe oraz publikacje.